Fray Francisco Frejes es considerado el primer historiador que escribió sobre la región, desde los tiempos más antiguos hasta los días en que le tocó vivir, de sus escritos muchos historiadores hemos replicado las anécdotas que recreó en base a su observación y a la rica información que aún se conservaba para su consulta, de ahí la importancia de resaltar su biografía.
Siendo virrey de la Nueva España Matías de Galvez y Gallardo, Francisco Frejes nació en 1784 en la ciudad de Guadalajara; el 18 de noviembre, de ese mismo año, se fundó la Real Academia de San Carlos, y fue en esa época cuando se publicó la Gaceta de México, revista dirigida por Manuel Antonio Valdés.
Tres años después del nacimiento de Francisco Frejes (1784), Francisco Javier Clavijero murió en 1787 en el extranjero, en ese año se decretó la creación del Jardín Botánico y se ordenó, asimismo, la expedición naturalista que dirigió Martín Sessé. En 1788 se abrió el Jardín Botánico y murió Francisco Javier Alegre. Un año después se aplicaron, públicamente, los primeros ejercicios y exámenes de botánica.
La juventud de Francisco Frejes estuvo orientada por la educación escolástica que todavía predominaba en la Nueva España durante las últimas décadas del siglo XVIII. Frejes se formó en colegios apostólicos donde prevalecía dicha educación que ya contrastaba, en ese momento, con las reformas e intereses ilustrados de quienes se preocuparon por el desarrollo de la ciencia y por una enseñanza secular en la Nueva España. Francisco Frejes ingresó al Seminario de Guadalajara en donde terminó sus primeros estudios en Humanidades y Filosofía. Tiempo después se trasladó a la ciudad de Zacatecas donde ingresó a la comunidad de "Propaganda Ffide".
A los diecisiete años Francisco Frejes estuvo en riesgo de morir ahogado, por esa situación él decidió, ahí en Zacatecas, dedicarse a la vocación pastoral.
En ese año, 1801, tuvo lugar una sublevación indígena en Tepic, Nayarit cuando el indio Mariano fue coronado para el establecimiento de una monarquía, y en Italia murió el jesuita Andrés de Guevara y Basoazabal.
La decisión de dedicarse a la evangelización llevó á Frejes a ingresar al Colegio de Nuestra Señora de Guadalupe, institución franciscana donde un año después, en 1802, pronunció sus votos para ordenarse sacerdote del Colegio.
Como seminarista del Colegio, Francisco Frejes mostró una singular aptitud y un gran interés por el estudio de las humanidades, como la historia y la filosofía, entre algunas de sus obras de carácter humanista destacaron sus ensayos dedicados a la educación como el Ensayo de un Jalisciense sobre Educación Secundaria de hombres y mujeres (1843) impreso en Guadalajara por la Imprenta de M. Brambila y su manuscrito titulado Arte de la Elocuencia (s.a); en la jurisprudencia eclesiástica, Frejes dedicó su tiempo a escribir su obra titulada Sobre el Derecho de Regulares (s.a), Frejes escribió una versión para religiosas y otra para religiosos.
Entre sus obras, de carácter histórico, se conocieron los manuscritos como el "Ensayo sobre Colonización" (s.a), el titulado “"Cronicón del Colegio de nuestra señora de Guadalupe de Zacatecas" (s.a), las "Memorias del Colegio de Zapopan" (s.a), las "Notas Cronológicas" (s.a) y el ensayo titulado "Del Concordato con Napoleón" (s.a). Entre sus obras publicadas sobresalieron Memoria de la Conquista de Zacatecas (1834), obra que fue escrita por Frejes para la Historia General del Estado en 1834 y fue impresa por Pedro Piña, la Historia breve de la Conquista de los Estados independientes del Imperio Mexicano (1838), obra que en 1838 estuvo a cargo de Aniceto Villagrana, que se imprimió incompleta, y en 1839 fue editada por segunda ocasión por JD. Ojeda.
También consagró su tiempo a la ciencia y a la teología, entre sus obras teológicas se encuentran manuscritos como el discurso de "Dios Creador, Redentor y Glorificador" (s.a) y el titulado "De la secta de la pequeña iglesia” (s.á), Entre sus obras del mismo carácter se cuentan el Sermón Panegírico en honor de María Santísima como Refugio de pecadores (1825), Frejes predicó este sermón el 4 de julio de 1825 en la Santa Escuela de Cristo.
En 1823, un año después de llegar al poder, Agustín de Iturbide (1783-1824) "ordenó se publicara [...] un bando en el que mandaba al Congreso organizar el sistema de instrucción pública, arreglándolo 'a las luces del siglo y necesidades del Imperio'".! Entre los años de 1824 y 1829, durante el gobierno de Guadalupe Victoria, la "enseñanza científica era una [de] las prioridades, adquiría carácter legal con la Constitución federal de 1824".
Fue en esa época cuando fray Francisco Frejes predicó el "Sermón de la Independencia" el 16 de septiembre de 18293. Tiempo después, Frejes escribió en 1836 la Novena dedicada a María Santísima de los Dolores, obra que estuvo a cargo de la Imprenta de Galván y fue nuevamente impresa en 1844 por la oficina de Dionisio Rodríguez.
Fray Francisco Frejes incursionó con gran entusiasmo, principalmente, en ciencias como la astronomía, la química, la geografía y la historia natural, hecho que puede constatarse por los temas expuestos en manuscritos como los "Elementos de Cosmografía y Geografía" (s.a) y la obra Sueño de un filósofo (1838), en esta obra se encuentra el "Discurso sobre la naturaleza, el hombre y Dios".
Fray Francisco Frejes fue catedrático de filosofía y teología en la ciudad de Zacatecas, también desempeñó el puesto de ex-lector de artes en el Colegio Apostólico de Nuestra Señora de Guadalupe en la misma ciudad de Zacatecas.
Francisco Frejes tenía 26 años cuando, en 1810, Hidalgo incitó a luchar por la independencia de México en el pueblo de Dolores; en 1813, cuando Morelos declaró el 6 de noviembre la Independencia de México, Frejes contaba con 29 años. Siendo testigo de los eventos sangrientos y trascendentes de la Independencia, puede considerarse que Frejes comprendió la importancia del movimiento independentista porque siendo él ya sacerdote, a la edad de cuarenta y cinco años, escribió un sermón de aniversario, conmemorando la Independencia de México, dicho sermón de aniversario de la Independencia, hace a uno pensar su simpatía por este hecho histórico, porque ese sermón fue predicado en 138329 cuando España y el Vaticano todavía no aceptaban el Decreto Constitucional para la libertad de la América Mexicana, promulgado por el Congreso de Apatzingán el 22 de octubre de 1814.
Algunos de sus biógrafos como Valverde Téllez afirman que Francisco Frejes demostró ser altamente competente en la oratoria y el canto, dice Valverde Téllez al respecto que Francisco Frejes se "distinguió como orador sagrado y cantor” del “Colegio.
En 1833 Gómez Pedraza expidió un nuevo decreto para expulsar a los españoles. Antonio López de Santa Anna y Valentín Gómez Farías llegaron al poder y ocuparon los puestos de presidente y de vicepresidente respectivamente. El 3 de abril de ese año se fundó la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística. José María Luis Mora fundó el Partido del Progreso y Gómez Farías promulgó nuevas leyes con el espíritu de una reforma, asimismo, Farías suprimió la Pontificia Universidad de México, creando, en su lugar, la Dirección General de Instrucción Pública y decretó el establecimiento de la Biblioteca Nacional. Frejes por su parte escribió, en ese año, su obra titulada Memoria histórica de los sucesos más notables de la conquista particular de Jalisco por los españoles (1833).
En 1834 Francisco Frejes terminó una de sus obras principales titulada “Arte de pensar y expresar nuestros pensamientos”, obra que estuvo a cargo de la Imprenta de Pedro Piña y que posteriormente volvería a ser editada. En ese año, siendo nuevamente presidente del gobierno Anastasio Bustamante, Santa Anna regresó a México después de haber sido derrotado en Texas. Dos años después, el Vaticano reconoció la independencia de México.
Tiempo después Frejes pasó al Convento de Guadalupe en donde, gracias a su talento, se le asignó el nombramiento de cronista del convento, tarea que le favoreció para ser, posteriormente, designado en 1838 guardián del mismo recinto. Su labor como cronista del convento le valió, en gran medida, para ser el cronista de la ciudad de Zacatecas. Durante ese mismo año terminó su obra más importante titulada Sueño de un filósofo sobre las causas físicas de los cuerpos, propuesto en tres problemas, con el fin de ejercitar las artes de pensar y de expresar nuestros conceptos (1838), que fue impresa por la Imprenta de la Testamentaria de Valdés. En esta obra, Francisco Frejes trata sobre la "evolución" de la materia inorgánica en orgánica y en la que se incluye el "Discurso sobre la naturaleza, el hombre y Dios", breve reflexión en donde Frejes expone sus concepciones naturalistas. Cabe señalar que uno de los méritos de Frejes fue haber escrito un ensayo de historia natural, considerando que en Zacatecas, el lugar donde desarrolló su trabajo pastoral, no fue una ciudad de desarrollo científico y cultural come lo fueron las ciudades de México, Puebla, Guanajuato, Querétaro, Guadalajara su ciudad natal, Morelia, Oaxaca y Mérida.” En 1838, México declaró la guerra a Francia por su exigencia de pagar indemnizaciones a los residentes franceses en México, iniciándose la llamada "Guerra de los pasteles".
Frejes se dedicó a redactar su obra titulada Historia breve de la conquista de los estados Independientes del Imperio Mexicano que fue publicada en 1839, también se publicó la segunda edición del Arte de pensar y expresar nuestros pensamientos que estuvo a cargo de la Imprenta de J. Ojeda.
El gobierno de México firmó, en 1839, el tratado de paz con Francia y apareció el primer boletín de la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística.
Francisco Frejes se ocupó también de ser Discreto, Vicario y Presidente in Capite del Convento de Nuestra Señora de Guadalupe. Valverde Téllez comentó que Francisco Frejes tuvo un "claro talento (que lo distinguió como un hombre] muy estudioso y erudito".
Francisco Frejes murió el 18 de noviembre de 1847, dos años después de haberse creado la carrera de naturalista que comprendía los estudios de botánica y zoología.
